V podstatě se dá říci, že se za tímto mikroorganismem skrývá hned několik onemocnění vyvolaných odlišnými sérotypy. V tropických a subtropických oblastech je jednou z nejčastějších příčin vzniku Trachomu, úplné slepoty. Dále vyvolává Lymphogranuloma venereum a co je pro vyspělé země podstatné urogenitální a oční infekce. Výskyt v populaci má poměrně vzestupnou tendenci a v současnosti se udává počet nositelů kolem 90 miliónů. Tím chlamydie atakují první místo sexuálně přenosných chorob. V některých západních zemích na vzestup jejich výskytu reagovali zavedením screeningu v nejohroženějších skupinách, tedy u mladistvých mezi 15 a 30 rokem.
I když chlamydie přímo neohrožují na životě, představují vážné riziko zejména v plodnosti populace. Ukazuje se, že až v polovině případů jsou jejím viníkem právě ony. Jejich nebezpečnost spočívá zejména v časté absenci jakýchkoliv příznaků. Přibližně u poloviny mužů a až 80% žen probíhá naprosto asymptomaticky, což z těchto osob činí potencionální přenašeče. U mužů je nejčastěji postižena močová trubice, což se může projevovat jejím pálením, svěděním či bolesti. Občas jsou poté tyto příznaky doprovázeny výtokem hnisu. Bez zahájení léčby se chlamydie začnou šířit genitálním kanálem a mohou způsobit zánět nadvarlat, prostaty či konečníku. Varlata poté bývají nateklá a bolestivá, u konečníku se zužuje průsvit, vzniká zjizvení a píšťele. Chlamydie také narušují DNA spermií.
U žen bývá prvním příznakem bolestivý vřídek na vnějším genitálu. Ten je povětšinou následován zduřením mízních uzlin v tříslech. Povětšinou je najednou zasaženo děložní hrdlo i močová trubice. To krom pálení, bolestivosti a občasného výtoku hnisu přináší i další nespecifické symptomy. Mezi ně se může řadit bolestivý pohlavní styk, bolesti v podbřišku, poruchy menstruačního cyklu. Při tomto zasažení dělohy a vejcovodů se často dostavuje i horečka. Dlouhodobá infekce poté způsobuje potíže s plodností, kdy dochází ke slepení vejcovodů. S tím jsou spojené komplikace mimoděložního těhotenství, potratu či předčasného porodu. Při porodu existuje poměrně vysoké riziko přenosu chlamydii na novorozeně. Nejčastěji dochází k zasažení očí, kdy se u necelé poloviny dětí během 1 až 3 týdnů objevuje chlamydiová konjunktivita. K vdechnutí dochází spíše sporadicky, v takovém případě se u novorozeněte rozvine pneumonie.