Léčba chlamydií by se dala rozdělit na dva naprosto rozdílné směry. Na jedné straně stojí lékaři, na té druhé mnohdy zoufalí pacienti. A proč se můžeme setkat s dvěma naprosto odlišnými přístupy? Do jisté míry nese svoji vinu české zdravotnictví, jenž má celkově poměrně velké mezery ve znalosti problematiky tohoto onemocnění. Navíc tu do hry zasahují ještě finance, pojišťovnám se nechce příliš proplácet nákladné testy na chlamydie. Proto i když podle příznaků je patrné, že se nejspíše o ně jedná, jsou lékaři často nuceni začít léčbu naslepo nasazením antibiotik. O provedení testů se povětšinou uvažuje až při dlouhodobějších potížích. Jak již bylo poznamenáno, základem léčby je nasazení silných antibiotik. Velice často je používán azithromycin či doxycyklin, jenž dokáží poměrně rychle vstoupit do tkání. Obvykle jsou předepisovány na 2 až 3 týdny, během nichž však zničí pouze jedno vývojové stádium chlamydií. Cílem této léčby je usnadnit imunitnímu systému vytvořit si adekvátní protilátky, které se posléze již postarají o nastolení rovnováhy. S odstupem času po vyléčení akutní fáze by mělo dojít ke kontrolnímu testu a v případě zvýšených hodnot by měli být preventivně opětovně nasazeny antibiotika, aby se zabránilo případnému znovu propuknutí nemoci.
Přibližně v 90% případů je tato jednorázová krátkodobá léčba dostatečná. Bohužel u části pacientů dochází k přechodu nemoci do chronického stádia. V tento moment nastává problém, neboť v těchto případech u nás neexistuje žádný léčebný protokol, což společně s nedostatkem informací mnohdy nutí pacienty začít s léčbou na vlastní pěst. Velice často je poté citován tzv. Wheldonův protokol. Ten je postaven na dlouhodobém užívání kombinovaných antibiotik, jejichž účinek je ještě posílen řadou doplňků stravy. Zanikající chlamydie vylučují toxiny, pro mírnění jejich následků jsou doporučovány antioxidanty (Vitamín C, E, Selen) a dále pak vitamíny B, zinek, L-Carnitine, Kyselina listová atd. Jelikož antibiotika ovlivňují i střevní mikroflóru jsou součástí léčby i probiotika.